Năm 1984, ông tốt nghiệp trung học Trường Trung học phổ thông Ngô Quyền, Hải Phòng.

Năm 1990, ông Sơn tốt nghiệp khoa Ngữ văn Trường đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Trường đại học Khoa học xã hội nhân văn, Đại học Quốc gia Hà Nội) chuyên ngành Hán Nôm; rồi ở lại trường giảng dạy tại khoa (từ 1991 - 2002).

Năm 1996 ông bảo vệ Phó Tiến sĩ (nay tương đương tiến sĩ) Khoa học Ngữ văn tại Trường Đại học Khoa học xã hội và Nhân văn, Đại học Quốc gia Hà Nội. Luận văn của ông có nhan đề "Những xu hướng của nho học Việt Nam nửa thế kỷ XVIII nửa đầu thế kỷ XIX và sự tác động của nó tới văn học", người hướng dẫn PGS. Trần Đình Hượu, PGS. Bùi Duy Tân.[1]

Năm 2005, ông được bổ nhiệm chức danh Phó Giáo sư.

Năm 2007-2008, ông làm học giả thỉnh giảng (visiting scholar)[2] nghiên cứu tư tưởng Nho giáo ở Việt Nam tại Viện Harvard-Yenching, trong khuôn viên Đại học Harvard. (Viện này độc lập với Đại học Harvard nhưng do Đại học này tham gia với tư cách thành viên sáng lập, không liên quan gì đến nhà nước Trung Quốc. Viện có chương trình đưa các học giả châu Á sang hợp tác nghiên cứu tại Đại học Harvard[3]).